新西历2012年，现代都市凭借新能源Enetron的支持得到蓬勃发展。与此同时，邪恶组织Vaglass怀着不可告人的目的时刻觊觎着Enetron，人类社会的和平也受到极大威胁。13年前因亚空间传送事件而意外获得特殊能力的樱田弘（铃木胜大 饰）、岩崎龙司（马场良马 饰）以及宇佐见阳子（小宫有纱 饰）已经长大成人，体内蕴藏着的神奇力量指引他们成为特命战队Go Buster的一员，他们艰苦训练，不断提高，与前来挑战的Vaglass奋勇对抗，无私无畏保护着普罗大众。
     与此同时，Vaglass的Enter（陈内将 饰）利用最新的Metaloids病毒创造出可以喷射出令金属材料生锈的Steamroid，这足以导致特命战队一方的机器人Buddyroid因为生锈而无法使用。借助Steamroid的力量，Enter的阴谋暂时得逞，之后他以东京Energy塔为中心肆意收集Enetron，企图将所有的Enertron传送到亚空间。一旦他的阴谋实现，不仅会令Vaglass的帝王苏醒，连Enertron附近的人们也将被卷入亚空间成为牺牲品。特命战队的伙伴们分外焦急，可是几乎所有的Buddyroid都受到Steamroid的污染。史上最危险的时刻，特命战队Go Buster的伙伴们能否再次拯救世界呢？